Царь тогда пожертвовал в монастырь колокол, а после, в 1635 г., тот же царь пожертвовал другой большой колокол по отце своём, патриархе Филарете Никитиче. В 1648 г. построена была каменная стена вокруг всего монастыря. В 1654 г. когда в Москве свирепствовало моровое поветрие, супруга царя Алексея Михайловича Мария Ильинична с детьми и всем двором нашли убежище в Колязине монастыре; с нею был там и патриарх Никон; царица с двором помещалась в построенном в 1641 г. братском корпусе, с того времени получившего название царского, а патриарх Никон в настоятельском, получившем с тех пор название патриаршего. Царица Мария в следующем, 1655 г., в память своего пребывания в Колязинском монастыре исходатайствовала ему степень архимандрии